发现新蝙蝠冠状病毒！云南发现一种新蝙蝠冠状病毒
作者：chunzhi 发布时间:2020-03-07研究团队还对RmYN02、RaTG13、HCoV-19和穿山甲中的蝙蝠冠状病毒进行了系统发育分析。与先前的研究相符，穿山甲beta-CoVs形成两个亚型。然而，论文中提到，穿山甲是否是这些病毒的天然蓄水池，或者它们从蝙蝠或其他野生动物中独立获得，这都需要进一步验证。
更值得注意的是，在大多数病毒基因组中，RmYN02与HCoV-19的亲缘关系最近，尽管这两种病毒之间仍然有一段较长的分支距离。S基因树显示，HCoV-19离RaTG13较近，和RmYN02较远，这表明后者在S基因经历了重组。在RBD的系统发育树上，HCoV-19和pangolin-CoV/GD最密切相关，与蝙蝠病毒都较远，再次表明重组发生。最后，完整的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)基因(在RNA病毒的系统发育分析中经常被使用)系统发育分析显示，RmYN02、RaTG13和HCoV-19形成了一个与穿山甲病毒完全不同的亚群。
HCoV-19是自然起源，可能通过重组获得
类似禽流感病毒(AIVs)血凝素(HA)蛋白的方式，冠状病毒的S蛋白在功能上分裂成两个亚基S1和S2。而在某些AIV亚型的剪切位点上插入多碱基氨基酸被认为与增强致病性有关。
值得注意的是，HCoV-19的特征之一即为在S1和S2的交界处有一个四氨基酸的插入，这在其他β冠状病毒的其他谱系中没有观察到过。这种被称为弗林蛋白酶剪切位点的插入是HCoV-19独有的，目前在所有检测的HCoV-19序列中都发现存在。
云南发现一种新蝙蝠冠状病毒！
研究团队此番在RmYN02中S1和S2交界处也发现插入了三个残基PAA，他们认为这是非常重要的。“虽然HCoV-19插入的残基(以及由此产生的核苷酸)与RmYN02中的残基不同，但可以表明它们是一个独立的插入事件，它们在野生动物(蝙蝠)中出现强烈表明它们是自然起源的，可能是通过重组获得的。”
因此，这些数据有力地表明了HCoV-19的自然起源。
此外，研究团队再次确定了RmYN02的蝙蝠宿主为马来菊头蝠（Rhinolophus malayanus），和一种马来菊头蝠标本中获得的序列（GenBank accession MK900703 ）100%一致。
马来菊头蝠和中华菊头蝠都广泛分布于中国西南部和东南亚地区。论文中提到，一般来说，这些蝙蝠不会长距离迁移，群居性很强，很可能生活在同一个洞穴中，这可能会促进它们之间的病毒交换和重组的发生。
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